O serviço de Gestão do Património Cultural assegura a salvaguarda do património cultural edificado e arqueológico do Município, sendo responsável pela sua gestão, inventariação, estudo e preservação, nomeadamente através da implementação de projetos de conservação e valorização do património, da proposta de medidas de proteção e de classificação, e da realização de trabalhos arqueológicos na área do Município. Colabora ainda na documentação das coleções, na preparação de conteúdos científicos e de exposições, na elaboração de instrumentos de trabalho necessários ao Museu, no acolhimento e acompanhamento de públicos especializados, e na preparação de edições, de materiais de divulgação e de materiais para o Serviço Educativo.
Através deste serviço, o Museu tem também uma participação ativa na gestão e ordenamento do território, colaborando nos processos de licenciamento de obras localizadas em áreas de proteção ao património, levando a cabo trabalho de campo e investigação documental para elaboração e atualização da Carta do Património Cultural Municipal, integrando estes elementos nos instrumentos legais de gestão municipal, nomeadamente no Plano Diretor, Planos de Pormenor, Planos de Ordenamento e no Sistema de Informação Geográfica.